主人公小森唯是一名除了有灵感体质以外普通的高中二年级学生，某日，因为父亲的工作调动以及不吉利的传言而转了学校，同时还住进了被称为“妖怪公馆”的地方与在那里的六名兄弟同居的日子里，她发现他们并不是普通的
满月之夜的钻石偷盗事件，犯人摆脱了警察的包围网华丽地逃走了，江户川柯南在独自追捕逃犯时遭遇了石川五右卫门的袭击,柯南这才明白这次的对手将是鲁邦三世，故事由此展开
该剧由六个单元组成，每个单元都以古典神话传说为背景拥有独立的故事线索以及时间背景。主要讲述了钟云飞在守护人界的艰辛道路上成长蜕变，与白凝雨跨越三界、超脱仙凡的三世情缘、爱恨纠缠的故事。
